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setwd("~/20220915_gastric_multiple/dna_combinePublic/scripts/evolutionTime")

##########################################################################################

library(ggplot2)
library(tidyverse)
library(readxl)
library(magrittr)

##########################################################################################

input_file <- "~/20220915_gastric_multiple/dna_combinePublic/scripts/evolutionTime/ipmn-timing-master/data/Timing_Metrics.xlsx"
out_path <- "~/20220915_gastric_multiple/dna_combinePublic/scripts/evolutionTime"
code_path <- "~/20220915_gastric_multiple/dna_combinePublic/scripts/evolutionTime/ipmn-timing-master"

##########################################################################################

source(paste0(code_path, "/code/functions.R"))

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dat <- read_excel(input_file,
              sheet=2) %>%
"["(-nrow(.), ) %>%
set_colnames(unixFriendly(.)) %>%
mutate(additional=mutations_ca-mutations_hg_ipmn) %>%
filter(case != "MTP19") %>%
mutate(high_mutation_rate=additional > 20) %>%
mutate(jags_id=paste0("T[", seq_len(nrow(.)), "]"))

posteriors <- readRDS(paste0(code_path, "/output/timing_master.R/timing.rds")) %>%
  mutate(patient=as.character(patient)) %>%
  left_join(select(dat, jags_id, case, high_mutation_rate),
            by=c("patient"="jags_id"))
high.mr <- filter(posteriors, high_mutation_rate, mut.per.yr > 3)
low.mr  <- filter(posteriors, !high_mutation_rate, mut.per.yr < 7)